初始模型构建
对于初始模型构建这一部分，大家可以各显神通，会编程的可以自己编程建模，不会编程的可以利用建模软件进行建模，例如用的最多的Materials Studio （MS）（虽然这是个收费软件，但是其中建模工具是免费的，相关教程百度很多），将MS得到的模型文件导入OVITO软件，再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式（简化版）：
其中491为总原子数，2 为原子种类数目，xlo=0.0,xhi=25.7975998,分别为x方向的起始和终止坐标位点。1 1 0.0 0.0 0.0 分别表示原子id，原子类型，原子的x,y,z坐标。
通用版格式（包含键角之类的信息）：
再利用read_data 命令直接读取这个模型文件即可
read_data file.dat
除了借用其它软件建模外，LAMMPS也提供了一些命令帮助构建简单模型：
lattice
region
create_box
create_atoms
group
delete_atoms
由于这些命令的用法在LAMMPS中很灵性（特别是region 和group），一篇推文肯定讲不完，只能先讲一些重要的用法，然后在往后的例子讲解中带各位慢慢体会，所以这些命令就不给各位截图看手册了，有兴趣的可以自行去看，(这些命令的熟悉使用可以看我们的建模教程)~
！！！lattice 命令！！！
这个命令的功能很多，主要是用来定义晶格类型，晶格常数，以及晶向方向的，例如：
lattice bcc 3.168 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0orient z 0 0 1
表示为构建一个晶格常数为3.168，晶格类型为bcc的模型，其x方向的矢量为 [100]。。。。。
orient x 1 0 0 orienty 0 1 0 orient z 0 0 1这个是默认值，所以可以不用去写，但是要改变晶向的话就要在满足右手（还是左手，我忘了~）定则的前提下去书写。
！！！region命令！！！
此命令主要是用来构建模拟盒子大小以及划分模拟区域，例如(前提是定义了lattice命令)：
region box block 0 10 0 10 0 10 units lattice
表示构建一个10a10a10a大小的模拟盒子（a为晶格常数），无论模拟的构型有多么复杂，一般都是选择先构建一个矩形盒子，让模型在盒子中进行模拟。unitslattice为默认值，可以换成units box[那么这个盒子的大小就是101010（埃）]
region 1 block 1 9 1 9 1 9
表示将盒子中x（1a-9a），y（1a-9a），z（1a-9a）的区域选中，定义为区域1，用于后续模拟。
注：一般box这个单词只用于与盒子相关的地方，只选取部分区域时，不要将其定义为box。
！！！create_box命令！！！
这个命令一般是告诉LAMMPS模型中有几类原子，几类键等等，例如
create_box 2 box
表示盒子中有2种原子。
create_box 2 box bond/type 2
表示盒子中有2种原子以及2种键。
！！！create_atoms命令！！！
表示往盒子中添加原子，例如：
create_atoms 1 box
表示将类型1的原子按照lattice命令的设定填满盒子。
create_atoms 2 single 5 5 5
表示在坐标为（5a, 5a, 5a）的地方添加一个类型为2的原子。
！！！group 命令！！！
表示将选中的原子定义为一个组，用于后续模拟，例如：
group 1 type 1
表示将所有类型为1的原子设置为1组；
group 2 region 2
表示将处于区域2中的所有原子设置为2组；
group 3 union 1 2
表示将1，2组合并为3组。
！！！delete_atoms命令！！！
表示删除不需要的原子，例如
delete_atoms group1
表示将1组的原子删掉；
delete_atomsregion 2
表示将区域2中的原子删掉；
最后将这几个命令结合使用一下(以构建一个bcc的W圆柱为例)
法一：
lattice bcc 3.168
region box block 0 10 0 10 0 10
region wire cylinder z 5 5 3 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 region wire
法二：
lattice box 3.168
region box block 0 10 0 10 0 10
region wire cylinder z 5 5 3 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 box
group wire region wire
group outer subtract all wire
delete_atoms group outer
注：建议自己尝试着按照手册理解下region cylinder 以及group subtract的用法
对于region 和group，这里只是介绍了其建模的小作用，其主要作用还是在模拟过程的使用，这个用法往后咱们可以看公众号里面的例子慢慢理解。
转载请注明来源，欢迎对文章中的引用来源进行考证，欢迎指出任何有错误或不够清晰的表达。可以在下面评论区评论，也可以邮件至 weig16@whu.edu.cn
