LAMMPS模拟软件的功能有很多：
微观结构演化
结构优化
过渡态搜索
热导率计算
等等（太多了，有兴趣的可自行百度）。。。。。
其中它最常用的功能就是模拟微观结构的演化，即观察粒子在合理物理环境（符合牛顿定律）下的演化情况。打个比方，我们高中时期学物理时经常会碰到这样的一个问题：两个人在操场跑圈，一个速度快一个速度慢，那么他们在什么时候会第一次相遇，或者说1个小时内会相遇几次？然后我们就会根据公式去哗啦啦的计算，最后得到结果。而LAMMPS软件的作用就是，我们把题目中的物理条件和环境都告诉它，它来帮我们计算，最后我们便能轻松的能通过它输出的结果（LAMMPS不帮助处理数据，LAMMPS的所有输出都需要自己处理）看到在操场跑圈的两个人的相遇情况。
LAMMPS的输入文件：
File_name.in(俗称in文件，必备)
Data文件（模型文件，可有可无）
势文件或力场文件（可有可无,根据力场类型的选择确定)
LAMMPS输出文件：
默认输出log文件帮助查看运行过程是否正常，其它输出则需要自行在in文件中自行定义，否则无输出~
一般来说，in文件内容的主要框架包含以下几个部分：
初始模拟系统设置
初始模型构建（读取模型数据）
定义原子间相互作用势或设置力场（势文件或力场文件）
定义原子/体系某些信息的计算（原子势能。。）
定义输出原子（坐标）/体系（热力学）信息
模拟环境设定并运行
建议：in文件一定自己写！！！就算有借鉴的in文件（例如百度得来的，师兄师姐留下来的。。），也要自己重写一遍，这样不仅能更好的理解in文件里面的内容，而且一旦后续模拟出问题了，自己也能更快的找到问题所在。
先看一个用LAMMPS做的简单的MD模拟——bcc钨的弛豫过程
（弛豫过程：一般进行复杂模拟前必备的过程，目的是使模型达到热力学平衡状态。）
1.输入文件in.relax内容
初始模拟系统设置
units metal
atom_style atomic
boundary p p p初始模型构建（读取模型数据）
lattice bcc 3.168
region box block 0 5 0 5 0 5
create_box 1 box
create_atoms 1 box定义原子间相互作用势
pair_style eam/alloy
pair_coeff W_zhou.eam.alloy W设定计算原子势能
compute 1 all pe/atom
定义输出原子（坐标）/体系（热力学）信息
thermo 10
thermo_style custom step temp pe etotal dt time
dump 1 all custom 100 W.xyz id type x y z c_1模拟环境设定并运行（NVT系综下弛豫）
velocity all create 300 666 mom yes rot yes dist gaussian
fix 1 all nvt temp 300 1000 1
timestep 0.001
run 10000
2.由于我们直接在in文件中构建好了模型，所以不需要data文件
3.由于我们采用了eam相互作用势（最适合金属材料的相互作用势），所以需要势文件（W_zhou.eam.alloy，这个可以在LAMMPS软件包中的Potential文件下找到,找到后复制这个文件到你的in文件的目录下，不要让它和in文件分开）,这个势文件的作用是告诉LAMMPS如何计算体系中原子受力的，后续文章会详细介绍，现在知道即可。
4.在in文件所在目录下输入（并行）命令：mpirun-n 2 lmp_mpi < in.relax 其中2 为调用的核数即可开始计算。放后台运算的命令为：mpirun-n 2 lmp_mpi < in.relax > out.dat &
5.百度与LAMMPS软件绝配的数据后处理软件OVITO，从官网上下载最新版的OVITO软件（往后文章中所涉及到的例子都会利用到OVITO软件），然后先尝试下自己将LAMMPS输出的W.xzy文件导入进去，观看整个弛豫过程。可以看到如下动态过程：
刚开始学习的同学可以先依葫芦画瓢完成这一个简单的模拟，并尝试着理解下in文件中的内容，后面我们会结合LAMMPS权威手册对in文件中的这6个主要内容进行详细讲解，并逐步帮助新手们养成阅读手册的好习惯。另外，建议新手入手一门编程语言（现在Python很火，可以考虑一波，fortran，C之类的也可以，至少会一个，不需要很精通，当然精通会更好~），虽然学习LAMMPS可能用不到，但是处理数据和建模时，会编程会方便很多。
由于本系列的侧重点在于LAMMPS软件的使用，所以关于分子动力学的原理，本系列不会过多深入的介绍（只会在有必要时提及），喜欢深入研究理论的同学考虑研究以下书籍：
英文书籍：Understandingmolecular simulation: From algorithms to applications （这本书最好能找到原版，我之前没办法看的盗版，很多错误，看的心很累）和Molecular Modelling - Principles and Applications。
中文书籍：《分子模拟的理论与实践》（这本书希望你们看的时候不会瞌睡~）
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